有关人民政府组织的事故调查组认为，该水环境工程公司对事故发生负有责任，依据《中华人民共和国安全生产法》第一百一十四条第一款第一项，建议由应急管理部门对该公司处以70万元罚款；公司主要负责人同某某对本起事故发生负有直接管理责任，依据《中华人民共和国安全生产法》第九十五条第一项，建议由应急管理部门对其处以上一年年收入百分之四十的罚款；该项目负责人孙某某对本起事故发生负有主要安全管理责任，依据《中华人民共和国安全生产法》第九十六条，建议由应急管理部门对其处以上一年年收入百分之二十的罚款。根据批复后的事故调查报告，应急管理部门依法对该公司、同某某、孙某某进行了事故罚款。

依据《中华人民共和国安全生产法》第一百一十四条第一款第一项，发生一般生产安全事故的，由应急管理部门对负有责任的生产经营单位处三十万元以上一百万元以下的罚款。本案中，该公司未有效开展有限空间风险辨识，未建立有限空间管理制度，未制定有限空间作业审批等作业制度；未组织开展有限空间作业负责人、监护人员、应急救援和作业人员教育培训，未进行有限空间作业预案演练；未制定落实有限空间作业专项检查方案，无有限空间巡查检查记录；未为员工配备符合国家标准或者行业标准的劳动防护用品，最终导致事故发生。该公司对事故发生负有责任，应依据本条对其予以行政处罚。